心理治疗师的执业资格证书是由国家卫生健康委员会颁发的，具体是由国家卫生健康委员会医政医管局负责颁发和管理的。不同地区的管理部门可能会有所不同，但都必须遵循国家卫生健康委员会的规定和要求。