喀斯特地貌生态脆弱的主要自然原因，主要有喀斯特地形、气候条件、土壤等因素。喀斯特地形多样性、坡度大，使得雨水淋溶受到阻碍，气候条件不利，包括低气温、酷暑或寒冷潮湿等不利气候条件，土壤特殊，如砂质土和结晶石，使得缺水更为严重，也制约了植物的生长等。这些因素共同造成喀斯特地貌的生态脆弱性，使得植被恢复及植物群落恢复困难。此外，喀斯特地貌中植物群落的多样性也非常有限，而一般植被恢复必然会需要一定的物种多样性，从而加剧了喀斯特地貌生态脆弱性。