材料制备的三大类方法包括物理方法、化学方法和生物方法。物理方法指的是利用物理原理进行制备的方法，如热处理、机械加工、电化学处理等；化学方法指的是利用化学反应进行制备的方法，如溶胶凝胶法、水热法、气相沉积法等；生物方法指的是利用生物体系进行制备的方法，如生物矿化、生物合成等。这三种方法各有优缺点，可以根据不同的需求选择合适的方法。