石头发黄可能是由于水中的硬度高、PH值高、含有过多的铁、锰等元素，以及水中有机物质的分解产生的物质堆积在石头表面所致。建议定期清洗石头表面，并注意控制水质中相关指标的含量。同时，也应该定期换水，保持水质清洁。