微生物在生物技术中担任了重要的角色，以下列举几个方面：发酵工业：利用微生物进行发酵生产酒、酱油、醋、乳制品、酵素等各种产品。微生物通过分解和转化物质，产生有机酸、酶、蛋白质等物质，以及产生酸味、香味、味道等物质。医药工业：利用微生物合成各种药物，如抗生素、维生素、酶、激素等。微生物在药物合成中起着关键的作用，如青霉素、链霉素、红霉素等都是由微生物生产的。环境保护：微生物在环境保护中有着重要的作用，如利用微生物降解污染物、净化废水、处理垃圾等。微生物通过生化反应降解有机物，转化成无害物质，从而达到环境保护的目的。基因工程：利用微生物进行基因重组技术，将外源基因嵌入到微生物体内，使其产生所需的蛋白质或合成所需的物质。微生物在基因工程中具有比较高的可重复性、高产性和稳定性。生物燃料：利用微生物进行生物燃料生产，如生物柴油、乙醇等。微生物可以将有机物转化成生物能源，可以在一定程度上减少化石燃料的使用，从而减轻能源压力。
