烟草行业工控系统渗透测试一般存在的风险包括，1、安全性问题，敏感信息泄露可能会对烟草行业产生重大影响，2、功能性问题，开展测试过程中，可能会出现系统无法正常运行的情况，3、管理层风险，未能及时发现并安全应对可能导致违反相关法律。此外，烟草行业工控系统渗透测试还存在着影响客户体验的风险，如安装过程不稳定、界面未经优化等。