1、全波光聚焦染色法，利用全波光聚焦技术，将外界光源定向地引集到一个限定的光区域内，使观察样品本身及样品周围的细胞弥散。这种方法适用于大面积的可见光染色，可以使细胞的表面在原来的色彩基础上增添0.01—99.00％的染料，从而达到染色的目的。2.单波段染色法，采用特定波长的光源激发荧光染色，获得单一波长的染料，并通过光学显微镜观察荧光信号，即可完成染色。此方法利用特定波长照射样品，能有效抑制样品中未被激发的其他荧光，减少背景噪声，改善荧光信号的重复性和精度。3.集束激光染色法，集束激光染色是利用可调节角度、可控时间的激光光线，将荧光的激发特征灵敏地标识出来，从而实现对荧光信号的局部放大，从而实现精细染色。此外，此方法还可以实现低温低压的激光染色，减少样品的细胞氧化损伤，从而获得较为准确的染色效果。4.荧光微阵列技术，荧光微阵列技术是利用微结构反应器、光模仿器和微结构分析仪等，通过光线和电场的模拟，对细胞表面及其周边的染料进行识别分析，从而实现细胞表面的染色效果。此方法不仅覆盖面积大，而且准确度高，可以准确捕捉到细胞表面以及细胞周边染料的位置及其分布情况，从而实现精确的染色效果。
