从信用卡5000额度出去6000，少了1000，是因为有手续费和利息的因素影响导致最终只能拿到5000。具体来说，支付6000，实际上用户大部分情况下会产生一定的手续费，例如支付宝、微信等，此外还有利息要考虑，这部分也会从总体金额中占一定比例。因此使用信用卡时，应理解其背后的收费机制，并明确手续费的支付方式，以免影响用户的财务状况。