化学反应的微观实质是原子以及原子团的相互间的相互作用，其基本过程是原子之间通过分子间的相互作用形成新的化合物。例如，水的反应过程就是两个氢原子通过分子间的相互作用而与一个氧原子结合形成的。原子团间当交换电子发生时，则可以形成新的物质，即化学反应产生。化学反应还可以通过细胞顿变，光化学，电化学及热化学等多种方式发生。