哈尔滨新吉商城有两个公交车站，一个是哈尔滨市中心双子桥公交车站，位于哈尔滨市区中心位置，周围有许多商店、娱乐场所等，另一个是新吉密流商城公交车站，位于哈尔滨新吉商城旁，出发地点就是商城的聚宝楼，坐公交车可以到达福溪河附近的西大街、日东街等。这两个公交车站之间有一条沿新吉店区路和拔尔古道去往黑龙江农业大学园区的公交线路。此外，也可以乘坐18路、36路公交车，沿着科学大道、东大街到达新吉商城。