主要原因是贝加尔湖的水体演变导致的。由于暖湖期的到来，贝加尔湖内外的水位逐渐平衡，引起流域间的水流量发生变化，使得水流带走了部分底部沉积物，而进入湖内的悬浮物和溶解物则可以形成新的沉积物，从而导致贝加尔湖底部沉积物的厚度增加。此外，贝加尔湖的营养物质富集也是促使底部沉积物厚度增加的重要因素。随着本地污染物的排放，在湖水中有大量的有机营养物质积累，引起水体的富营养化，吸引了大量的浮游生物进入湖中，使得贝加尔湖底部沉积物厚度进一步增加。贝加尔湖底部沉积物增加还可能与湖底地质构造有关，比如湖水下沉造成的泥沙堆积，以及流入湖水的河流带来的携带物沉积等。