艾恩葛朗特的玩家们历经千辛万苦、死伤无数终于打通了100层，游戏通关了，桐人一行人回到了现实世界。
你以为到这里就大结局了吗？
没有。
回到现实世界的桐人却发现现实世界才过了2小时，而自己在SAO却待了2年。
现实世界的人也没发现刀剑神域是个死亡游戏，
制作刀剑神域的公司，以服务器故障等原因，表示还没有开服《刀剑神域》。
社会一切如常，刀剑神域的公司没被警察调查，茅场晶彦也没有被抓。
从SAO登出的所有玩家包括亚丝娜在内，都被消除了记忆，浑然不知自己有玩过SAO，唯独桐人还记得一切。
然而，死亡游戏是切实存在的，在SAO中所死亡的玩家，在现实世界也死亡了，又或者说是从现实世界消失了，亲人、朋友不记得有此人存在过，生前所存在的一切痕迹都被抹掉，就像从没来过这个世界一样。
桐人震怒.
这一切，都是刀剑神域制作公司的阴谋，茅场晶彦他们早已通过所掌握的脑机技术干预了现实世界的运作。
桐人不能接受这一切，不能接受只有自己还保留着记忆而所有人失忆的事情。
从此，桐人与刀剑神域公司开始了斗智斗勇的生活，又戴上了头盔进入了SAO.....