在宝可梦究极绿宝石中，一共分为助手模式、标准模式与挑战模式，三个模式难度逐渐上升，玩家在游戏中所受到的限制也会越来越多了。标准模式——对手训练师精灵努力值总和不超过508，精灵受到等级限制，道馆联盟等比赛精灵会进行限制，对战不可使用背包强制使用淘汰制，仅在世界锦标赛淘汰赛以及开拓区的部分设施按项达到一定连胜场次后的比赛对手的指挥水平会显著提升。