公交车司机在车内加水主要是为了给发动机降温，保持发动机正常工作。公交车长期行驶工作后，发动机会产生高温，加水会通过循环冷却系统，使热量能够及时散发掉，避免引起发动机过热和故障。此外，加水也有助于减少尾气排放等一系列问题，提高车辆的性能和经济效益。