停工申请单需要包括以下内容：项目名称、施工单位名称、停工原因、停工时间、预计复工时间、安全保障措施等。申请人需要详细说明停工原因，并提供相应的证明材料，以确保申请的合理性和可行性。同时，停工后要做好现场安全保障工作，避免发生意外事故。