要设置商家扫码时输密码，可以在支付宝商家版APP中进行相关设置。具体操作步骤是，登录商家版APP，进入“我的”页面，选择“密码管理”，然后选择“设置商家扫码时输入密码”，最后设置支付密码即可。设置完成后，商家在收款时需要输入支付密码才能完成交易。此功能可以增加交易的安全性，避免因账号被盗或者泄露密码而导致的损失。