农田水电站施工主要包括水库建设、发电机组安装、发电机组控制室和配套设施的建设，以及水泵站的改造。其中，水库建设是整个施工过程中最重要的一步，需要进行土方开挖、混凝土浇筑以及泄水工程等。此外，还需要对原有的供水、供电系统进行整理和升级。