豆豉的发酵主要是利用毛霉、曲霉或者细菌蛋白酶的作用，分解大豆蛋白质，达到一定程度时，用加盐、加酒、干燥等方法，抑制酶的活力，延缓发酵过程而制成。所以，豆豉的发酵菌主要有根霉、毛霉和米曲霉。