长时间停车一般不是很会影响汽车的空调系统，但如果长时间停车之后再开空调，可能会出现异味或者冷气不足等问题，因为长时间停车会在车内形成潮湿环境，导致空调的滤芯和排水管道堵塞，需要及时清理和更换。此外，长时间停车还会让汽车电瓶电量下降，不足以启动空调，需要先发动车辆再开空调。