我国对农业手工业和资本主义工商业的改造采取了以下方式：1. 农业手工业改造：实行农村集体化经营，农民合作社、人民公社等集体组织通过土地、劳动力和其他资源的集中优化配置，提高了生产效率和农业现代化水平。同时，发展乡镇企业，引进先进技术和设备，培养专业技能人才，推动产业升级。2. 资本主义工商业改造：实行公私合营、企业国有化和集体化经营等政策，通过组建国营企业和集体企业，对原本私人或外资控制的企业进行国有化或集体化改造， 使其成为国家所有或者由工人、农民等社会集体所有的企业。这样不仅有利于国家的宏观调控，更有利于促进劳动力和生产资料的整合，降低市场垄断程度，保护劳动者利益。