异形三女主肚子里有一个异形胚胎，这是由于在电影中，女主角被异形攻击后被寄生了一个异形胚胎，随后异形胚胎在她的体内成长并最终孵化出来，成为了一个新的异形。这种情况在异形系列电影中比较常见，因为异形具有寄生和生殖能力，可以在其他生物体内繁殖并孵化出新的异形。