竹笛的E调和F调的区别在于音高和音调。E调是比F调音高的，即E调的音高比F调高一个半音。此外，E调的音调也不同于F调，因为E调的音阶和音程不同于F调。因此，使用E调和F调的竹笛演奏出来的音乐效果也会有所不同。