吴清源与本因坊秀哉曾经进行多次围棋比赛，但并没有一场公开的正式比赛记录。根据历史记录和相关数据，两位棋手实力相当，各有胜负。吴清源与本因坊秀哉都是围棋史上的传奇人物，他们各自都为围棋的发展做出了巨大贡献。他们之间的比赛结果并不重要，重要的是他们的才华和让人钦佩的职业精神。