基础底板防水保护层厚度应根据使用要求和防水材料的规范要求确定，一般要求不小于1.5mm。具体规范如下：沥青防水材料：基础底板防水保护层厚度应不小于2.0mm。弹性体防水材料：基础底板防水保护层厚度应不小于1.5mm。预制聚合物防水卷材：基础底板防水保护层厚度应不小于1.2mm。涂料防水材料：基础底板防水保护层厚度应不小于1.5mm。需要注意的是，基础底板防水保护层厚度还应考虑施工现场的实际情况和工程设计要求，确保施工质量和防水效果。