水中细菌总数的测定实验中总菌落数较少的原因可能是样本采集、处理或培养条件等不当，导致细菌无法完全生长繁殖，或者是死亡。此外，可能存在其他微生物或物质干扰了细菌的生长。因此，为了准确测定水中细菌总数，需要确保样本采集、处理和培养条件的标准化和严格控制。