汾酒采用传统的“清蒸二次清”和地缸固态分离发酵法进行酿造。在汾酒的酿造过程中，每投入一批酒醅的原料（高粱）都要单独进行清蒸糊化一次，以去除其中的杂味和异味。而所谓的“二次清”，是指清蒸糊化的高粱经过两次发酵、蒸馏出酒的过程，第一次蒸馏后的酒醅不再配入新料，只加入曲进行第二次发酵，即作为酒糟处理，彻底清理后，重新投入一批新料，进行清蒸酿酒。此外，原料和酒醅都是单独清蒸，这是汾酒与混蒸续茬工艺的显著不同。而且，汾酒的发酵是在地缸中进行，不接触泥土，保持了酒味的纯正，独具一格。