如果小学合并了，填写大学档案时需要注明合并前的学校名称和合并后的学校名称，同时提供相关证明文件。此外，还需要填写小学时期的学习成绩和荣誉，以及参加的活动和社团等信息。这些信息可以帮助大学了解你的学习和成长历程，更好地评估你的综合素质和能力。