如果甲方的原因导致工程停工，乙方可以根据合同规定提出停工索赔。通常，合同中会约定停工期间的索赔标准和流程等事项。在此期间，乙方可以要求甲方承担停工期间的费用和损失，例如材料费、人工费、设备租赁费等。如果甲方不同意支付索赔款，乙方可以通过法律途径来维护自己的权益。