常见的质粒有P1，λ、F、M13等。P1质粒是一种含有多种质粒基因的复杂的DNA片断，它具有反式半平面构象，可以存活在大多数胺基酸中，表达其基因，通常用于基因工程和生物学的应用。λ质粒是一种可以自我复制的古老的细菌DNA，它在F质粒上形成了lambda形状，含有一个编码蛋白能力的基因，它还包括用于对抗环境有害物质的DNA修复基因。F质粒是一种引子依赖性DNA复制体，是由病毒感染的细菌所产生，包含一个能够自发复制的20kb长的DNA基因。M13质粒是一种连锁状态的双链DNA，如同小肠球菌的细菌裂解病毒，它可以在不同的细菌之间复制，也可以可以作为一种载体，将外源DNA带进细菌。