伤寒杂病论是以生气通天论中“病因”、“病机”、“治法”为基础写成的。其中，病因主要是指外感六淫和内伤七情等因素引起的疾病；病机则是指疾病的发生、发展和转归的机理；治法则是指治疗疾病的方法和原则。这些内容在伤寒杂病论中得到了更加深入的阐述和细化，成为中医学中重要的理论基础之一。