批复与复函的区别是：批复指回复询价、投标或其他书面方式的函用于接受、拒绝或表示意向，而复函是将上述情况下收到的内容通过体现自己意见的形式再次回函表示其他方对此消息的反馈。批复是一种正式的文件，无论接受或拒绝，都是正式的文件格式，而复函以一种半正式的形式作为回应，可以给出更开放的建议。