高祖父马云台（做豆腐卖谋生）。
曾祖父（马丽文、马利文、马郁斋），湖北蒲圻县铁山马家村人。小时候遇恩师吴先生，道光三年（1823）进士，先后任礼部主事，福建道监察御史，广东高州知府，广西思恩府（治所在广西武鸣县）知府，广西左江道等职。
祖父马光吴，纪念父亲的恩师吴先生。
慈父严母。
父亲马衡臣是广西的师爷，在广西恭城（1881年，27岁的马衡臣便生下了他）、荔浦、平乐、平南、马平（柳州市的柳江县）等县任师爷（知县的幕僚）母亲诸素贞，26岁和诸素贞结婚，27岁生下了马君武。诸素贞在马君武小时候经常通过体罚来逼迫他读书上进。
马保之的父亲马君武（1881—1940），四大优点：一是博古通今、好学不倦。二是做官清廉，做事认真。三是生活严肃，性情幽默。四是主张实用，反对文饰（务虚）。缺点：好勇斗狠，打伤宋教仁眼睛，让其住院十多天，在议会追打李肇甫，因为他反对参加“一战”而李肇甫的意见与其相左，追打苏曼殊，因为他对不出苏曼殊的诗歌。