国家安全职能中居于基础地位的是保守机密和保护国家重要利益。保守机密是指为了防止敏感信息泄漏或被无权使用，保证国家安全而提出的有关要求，包括人员、地点上的法律规定。保护国家重要利益是加强国家主权、安全、统一，维护国家重大利益的行为。这就是居于国家安全职能基础地位的原因。