简文帝是被唐修《晋书》玩弄文字游戏黑的。他在东晋南朝总体声望是很高的。
唐修《晋书》故意在帝纪段末渲染桓温的权势，引入荧惑又入太微的段子，言谢安认为简文帝是惠帝之流，清谈差胜耳，是为了把桓温塑造成大魔王，简文帝塑造成无能之辈。
事实上，刘宋刘谦之《晋纪》载谢安作简文帝谥议，谢安对简文帝评价很高，认为简文帝宜尊号太宗。

“谨案《谥法》：一德不懈曰‘简’，道德博闻曰‘文’。易简而天下之理得，观乎人文，化成天下。仪之景行，犹有仿佛。宜尊号曰‘太宗’，谥曰‘简文’。”
事实上，桓温咸安元年和简文帝过招失败后，就退出建康了，他是在简文帝去世后才图谋篡位的。
《建康实录》：“既而，温寻又谋新蔡王晃反，与（武陵王）晞连结殷涓及太宰长史庾籍等同谋，收付廷尉。奏请诛二王庾籍等同谋，收付廷尉。奏请诛二王，帝对之泣，不许。温固执之，帝手诏答温曰：‘若晋祚灵长，公便宜奉行前诏。如其大运去矣，请避贤路。’温览之，流汗变色，不复敢言。帝先历宰三世，温素敬惮。及帝即位，温欲上事自陈，帝引见，对之悲泣，温惧无色。【及行武陵王等诛不果，深恐】。帝知而安慰之，寻大赦天下，以温为丞相，温不受。辛酉，温旋白石，因上镇姑孰……既还故孰，帝使侍中王坦之数征为相，辞不受。”
刘宋史学家对司马昱和桓温关系的看法是这样。
檀道鸾《续晋阳秋》：“帝性温深，雅有局镇。尝与太宰、武陵王晞，桓温同乘至板桥，温密敕令，无因而鸣角鼓噪，部伍并皆惊驰。温佯为骇异，而晞大震惊，急求下车，帝举止自若，音颜色不变，温每以此称其德量。故论者谓服惮之深，若假帝修年，则温篡逆之图绝矣。”