剑三家园的等级不会清零。剑三家园等级是指角色在家园系统中的等级，该等级与角色等级是独立的，不受角色等级的影响。当角色达到一定的经验值时，家园等级会随之提升。即使你长时间未登录或者休息，你的家园等级也不会因此而降低或清零。