有磁种参与的磁絮凝反应与没有磁种参与的絮凝反应没有本质区别，投加的磁种与其地的细微悬浮颗粒一样，在混凝中起晶核作用，混凝的作用机理对它同样起作用。磁混凝过程中，以磁种为絮体晶核，投加絮凝剂，通过絮凝、吸附、架桥等作用，将水中的微小悬浮物或胶体颗粒与粒径极小的磁种结合，有利于磁种和胶体微粒或悬浮颗粒物的碰撞脱稳形成絮体，促进絮体的团聚变大和提高捕捉污染物的能力，高相对密度的絮体也大幅度提高了沉降速度，加速了固液分离。