日本发EMS国际快递，2条烟有可能被扣。虽然日本允许带两条烟入境，但中国海关规定，每人每次限寄一件（两条香烟），不准一次多件或多次交寄。另外，中国海关明确规定，烟草属于限制寄递物品，一些快递公司为了避免麻烦，可能不允许寄送烟草。建议您直接询问EMS或者其他国际快递公司是否可以邮寄两条烟到日本，以获取最准确的信息。