秦统一六国后，推行郡县制。市境始置县邑有淮阴（今楚州区）、盱眙（今盱眙县城北）、东阳（今盱眙县马坝）。市境长期处于战争和对峙的前沿。长年战乱带来的是“江淮之间，赤地千里”的凄惨景象，经济和文化遭到严重破坏。值得一提的是，南齐永明七年（489年），割直渎、破釜以东，淮阴镇下流杂100户置淮安县，“淮安”之名始见。境内长期处于安定的环境，经济得以持续发展和重新繁荣。其间大运河的开凿和淮北盐场的建滩对市境的繁荣产生了巨大的作用。隋大业年间，自洛阳至扬州的漕运（供给皇粮的水上运输）要道——大运河凿成，境内则成为漕运重要孔道。自隋至清末，朝廷一直在淮安设置官署，委派大员掌管、督办漕运。唐初，涟水成为全国四大盐场之一。为运销淮盐，垂拱年间开运盐河，淮安盐运又兴。楚州（治今楚州区淮城镇）、泗州（治今盱眙县城对岸）成为运河沿线的两座名城，其中楚州被白居易誉为“淮水东南第一州”，素有“襟吴带楚客多游，壮丽东南第一州”。北宋年间，境内较为太平，漕运、盐运得到进一步发展。政府鼓励垦殖，修复和增建灌溉设施，引进推广“占城稻”。 明永乐年间，淮安（今楚州）漕运又兴，境西北清江浦镇也随之开始兴起。明中叶以后，黄河全流夺淮，境内水患愈演愈烈，农业衰落，鱼米之乡的盛景不再。明清两朝都委派大员驻淮治河。民国时期淮安府撤销，市境大部始属淮扬道，后属淮阴行政督察区。境内漕、盐、河、榷之利皆失，进一步衰微。而长年战乱又给刚刚兴起的近代交通运输业和工矿业以沉重打击。淮安人民为中华民族的独立和解放建立了巨大功勋。1948年12月，市境全部解放。
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1949年5月，成立淮阴专区，淮阴专区辖淮阴、淮宝（由原淮安、宝应两县运河以西的部分地区所组成，县人民政府驻岔河镇）、泗阳、沭阳、灌云、宿迁、睢宁、新安（由原沭阳、宿迁两县的一部分地区所组成，县人民政府驻新安镇）、邳睢（由原邳县陇海路南及睢宁县北部地区所组成，县人民政府驻土山镇）、涟水10县。专员公署驻淮阴县。1950年5月12日，撤销淮宝县，分别并入淮阴、淮安和扬州专区的宝应3县。1950年12月18日，淮阴县城区改名清江市，淮阴专区辖1市9县。
1953年1月江苏建省后，淮阴专区属江苏省领导；原新安县改称新沂县，邳睢县政府迁驻运河镇；淮阴专区辖清江市和淮阴、涟水、灌云、泗阳、沭阳、新沂、宿迁、邳睢、睢宁县1市9县，专署驻清江市。同年，睢宁、邳睢、新沂3县划归徐州专区。1954年，清江市改为省辖市，仍接受淮阴专署领导；盐城专区所属淮安县划入淮阴专区，辖7县。同年12月，原属安徽省宿县专区的泗洪县，滁县专区的盱眙县划入淮阴专区，辖9县。
1956年，由泗洪、淮阴、盱眙3县部分地区合并设置洪泽县（驻高良涧）。1957年，由灌云、涟水2县各一部分地区合并设新安行政办事处，属专署管辖。后新安行政办事处改为灌南县。1958年，撤销淮阴县，并入清江市，并将清江市改名为淮阴市，划归淮阴专署领导；淮阴专区辖1市10县。1964年，淮阴仍改为清江市，恢复淮阴县（驻清江市）。1966年，将盱眙县划归六合专区。淮阴专区辖1市10县。
1953年1月江苏建省后，淮阴专区属江苏省领导；原新安县改称新沂县，邳睢县政府迁驻运河镇；淮阴专区辖清江市和淮阴、涟水、灌云、泗阳、沭阳、新沂、宿迁、邳睢、睢宁县1市9县，专署驻清江市。同年，睢宁、邳睢、新沂3县划归徐州专区。1954年，清江市改为省辖市，仍接受淮阴专署领导；盐城专区所属淮安县划入淮阴专区，辖7县。同年12月，原属安徽省宿县专区的泗洪县，滁县专区的盱眙县划入淮阴专区，辖9县。
1956年，由泗洪、淮阴、盱眙3县部分地区合并设置洪泽县（驻高良涧）。1957年，由灌云、涟水2县各一部分地区合并设新安行政办事处，属专署管辖。后新安行政办事处改为灌南县。1958年，撤销淮阴县，并入清江市，并将清江市改名为淮阴市，划归淮阴专署领导；淮阴专区辖1市10县。1964年，淮阴仍改为清江市，恢复淮阴县（驻清江市）。1966年，将盱眙县划归六合专区。淮阴专区辖1市10县。
1970年，淮阴专区改称淮阴地区，专署驻清江市，辖清江市及灌云、灌南、沭阳、宿迁、泗阳、涟水、淮阴、淮安、洪泽、泗洪县1市10县。1971年，原六合地区所属盱眙、金湖2县划入淮阴地区，辖1市12县。1975年，淮阴县政府由清江市迁驻王营镇。淮阴地区辖清江市及灌云、灌南、沭阳、宿迁、泗阳、盱眙、涟水、淮阴、淮安、洪泽、泗洪、金湖县1市12县。
1983年，清江市更名为淮阴市，改由省直辖；撤销淮阴地区，将灌南、沭阳、宿迁、泗阳、涟水、淮阴、泗洪、淮安、洪泽、盱眙、金湖11个县划归淮阴市领导，将灌云县划归连云港市领导。淮阴市区设清河、清浦2个区。1987年12月起，经国务院批准，先后撤销宿迁、淮安县，改设宿迁、淮安市。淮阴市共辖2市9县2区。1996年，宿迁市升格为地级市。将淮阴市的沭阳、泗阳、泗洪3县划归宿迁市管辖，灌南县划归连云港市管辖。调整后的淮阴市辖淮阴、涟水、金湖、洪泽、盱眙5个县和清河、清浦2个区，代管淮安市。
1983年，清江市更名为淮阴市，改由省直辖；撤销淮阴地区，将灌南、沭阳、宿迁、泗阳、涟水、淮阴、泗洪、淮安、洪泽、盱眙、金湖11个县划归淮阴市领导，将灌云县划归连云港市领导。淮阴市区设清河、清浦2个区。1987年12月起，经国务院批准，先后撤销宿迁、淮安县，改设宿迁、淮安市。淮阴市共辖2市9县2区。1996年，宿迁市升格为地级市。将淮阴市的沭阳、泗阳、泗洪3县划归宿迁市管辖，灌南县划归连云港市管辖。调整后的淮阴市辖淮阴、涟水、金湖、洪泽、盱眙5个县和清河、清浦2个区，代管淮安市。
2000年12月21日，国务院批准：淮阴市更名为淮安市，市人民政府驻清河区；同时撤销县级淮安市，设立淮安市楚州区，以原县级淮安市的行政区域为楚州区行政区域，区人民政府驻淮城镇；撤销淮阴县，设立淮安市淮阴区，以原淮阴县的行政区域为淮阴区的行政区域，区人民政府驻王营镇；地级淮安市辖盱眙县、涟水县、金湖县、洪泽县、清河区、清浦区和新设立的楚州区、淮阴区。将盱眙县东阳乡的永丰村、瓦地村及马坝镇的楼庄村划归金湖县戴楼乡管辖。淮安市共辖4县（市）4区。
2003年12月11日，省政府（苏政复[2003]109号）批复同意将淮安市楚州区部分村组划归清河区管辖：将楚州区南马厂乡小堆村、高张村以及马厂村的一、二、三、四村民组，席桥镇熊胡村、福康村划归清河区徐杨乡管辖。
2003年12月11日，省政府（苏政复[2003]109号）批复同意将淮安市楚州区部分村组划归清河区管辖：将楚州区南马厂乡小堆村、高张村以及马厂村的一、二、三、四村民组，席桥镇熊胡村、福康村划归清河区徐杨乡管辖。
