但是污染依旧存在，女娲派后羿关闭受到污染的日之塔，但她的行为受到了以帝俊为首一些神明的反对，帝俊认为为了获得力量在所不惜。为了争夺话语权，神明之战爆发。
这场暗无天日的神明之战最后以帝俊战败而亡作为收场，神明们死伤殆尽，女娲奄奄一息，起源之地的辉煌不复存在。女娲恍惚间明白了创造与毁灭的轮回无法避免，究极力量终究不能为人所支配，她用最后的力气将方舟核心（就是宇宙之心）封印，将钥匙放在了十二座奇迹中，期待着将来会有能正确支配力量的人