2001年，三校合并新组建的江南大学成立，原无锡教育学院、江南学院部分师资并入生物工程学院。

学院创建了我国第一个发酵工程国家重点学科及完善的本硕博人才培养体系，以及轻工技术与工程博士后流动站，是我国轻工生物技术与发酵工程领域中最具品牌影响力和竞争力的高等教育基地。学院不断优化以发酵工程和糖工程为核心的轻工技术与工程、基于工程生物学驱动的生物工程的双峰学科布局。轻工技术与工程一级学科在2009、2012、2017年教育部学科评比中位居全国并列第一、第二和A+，2017年、2021年连续入选我国“双一流”建设学科。
学院始终坚持“江南特色、世界一流”的核心理念，明确“谋大势、带队伍、建能力、开新局”的建设思路，坚持面向世界科技前沿、坚持面向经济主战场、坚持面向国家重大需求、坚持面向人民生命健康。以创新驱动发展，立足生物工程产业，努力打造具有国际视野的一流师资队伍，积极探索轻工生物类高水平复合型人才培养模式，推进基础科学研究突破和重大成果转化落地，形成了“善于实践、勇于创新”的特色学科文化，保持学科可持续发展的比较优势。