整个故事属于一个闭环（以朱版为例）
晶光池会面，既是故事开始，也是故事结尾，设以此为起点，开始故事
一、此次会面，博士直接知道的信息有：1、此处位于北上乡，叫晶光池，有疑似太晶能量；2、翼大王真实存在，叫做故勒顿；3、海哲后人编写的《零之秘宝》。间接知道的信息是他的研究会成功，因为真有翼大王，《零之秘宝》也是佐证。此时博士的时间线应该是未成功召唤故勒顿之前且派帕诞生后，并且送出了签名版朱之书。此处故勒顿的名字完成闭环。
二、会面结束后，博士凭借《零之秘宝》并以此为参考资料对大空洞进行研究，研究资料又称为了后续白蕾雅编写《零之秘宝》的参考材料，此处完成一次闭环。

三、博士成功召唤故勒顿，并与派帕一起生活一段时间，直到博士带着故勒顿进入了深坑，派帕以为是故勒顿抢了母亲，从而憎恨故勒顿。后续接朱紫的开场pv，看似是航拍帕迪亚，其实镜头视角其实是从深坑逃出来的故勒顿，在围绕大半个帕迪亚飞一圈后，飞到了海边灯塔，力竭后被投喂三明治。这只故勒顿是因小青而诞生，遇见小青也算是命中注定，完成闭环。
四、传说之路、归乡之路
五、Ai博士被打败后，回到了过去，Ai继承博士的记忆、知识、情感，且拥有悖谬宝可梦，也就是说，Ai带着记忆、知识、悖谬回到了过去，因为，古代出现了悖谬，是现代带去的，也因此，现代也有了悖谬，鸡与蛋的逆版，有了你才有了你祖先，正因为有了祖先，才有后面的你，所以是悖谬，也符合记载表明悖谬在时光机前已经出现了的现象。

六、Ai博士不属于传统生命，跳出生理轮回，一直活下去。本篇提到Ai无法离开深坑，Ai也束缚了大量悖谬不让其离开深坑，但依然有逃出去的比如地震宝主，而悖谬的出现其实和太晶有关，宝主的历史也不长，秘传料理的特殊功能正是受太晶影响，而太晶珠的发明，让外面也有了太晶能量，所以悖谬是可以离开深坑的，Ai博士必然也携带太晶珠，理论上是可以离开深坑的。
七、Ai博士曾带着一只叫厄鬼掽的宝可梦前往北上乡，因为她知道未来的会面在北上乡的晶光池，为了完成闭环，她给晶光池带去了太晶能量，因为记载失真或者Ai具备更换外形的原因，所以故事传说变成了男人，丑陋是因为Ai的数据混乱，在我们打败Ai时也能看到她身上出现了数据混码，桃歹郎发现后，派三只傀儡（其实桃歹郎也在现场）去抢夺面具，因为面具上有太晶能量，Ai拼死保护面具，然后发现桃歹郎，以太晶能量为由达成合作，一起回到深坑。

八、Ai博士随着时间推移，直到一个叫海哲的人的出现，知道后续历史的她，加入了海哲的队伍，因为Ai的加入，海哲才能前无古人的完成探险，也因为Ai有博士阅读《零之秘宝》的记忆所以知道如何引发太乐巴格斯星晶化，而她也有开发太晶珠的记忆，所以有太晶珠，至此，海哲见到了圆盘，完成闭环。
九、海哲在书里提到他在最深处失散后晕倒，醒来发现手里有一些纸稿和笔迹，似乎有和什么人交谈的记忆但又记不清，笔迹是自己的但也无以及，此处的神秘人应该就是Ai，笔迹是海哲自己的，不过此时Ai身边有一只桃歹郎控制了海哲的身体与意识（对应桃歹郎的能力毒傀儡），目的就是编写朱之书。

十、朱之书发售，且缺少部分页数，猜测受桃歹郎的持续影响没有发售完整版本，而朱之书中并没有晶光花相关记录，那么遍地的晶光花出现时间应该是海哲之后，介于晶光花一家和桃歹郎的相似性，推测这组宝可梦是桃歹郎接触太晶的产物。
十一、奥琳博士出生、长大、结婚、生子。
十二、奥琳博士跟随朱之书，对深坑展开研究，途中曾穿越到了小青的时间线，在观测站的日记奥琳提到“那个人也离开了”，此处的“那个人”为穿越来的Ai，在Ai的协助下与《零之秘宝》的参考下，奥琳的研究才会十分顺利。奥琳的进展过于顺利，时光机、Ai技术、太晶珠技术都是突飞猛进版研究出来的。短时间内不可能进展那么快

十三、“那个人”的消失与朱之书。Ai离开其实是消失，而消失后博士制造了Ai，Ai消失是因为它即将诞生，在同一个时间线中，个体只有唯一的表现形式，不会出现两个同一个体，也不会直接消失。而朱之书也算如此，签名版朱之书在穿越时送给了小青，而传说之路中，签名版朱之书作为钥匙插进了机器里，是可能随着Ai穿越的，不过穿越的时间线刚好就是博士送给小青朱之书回来后，因为此时的时间线凭空消失了这本朱之书，作为钥匙那本刚好穿越到此填补空白，来修补这个bug，到了Ai手中，博士本人并不知道这本书已经回来了，之后这本书也就是主线中派帕小青那本，也因为它是钥匙，所以它是钥匙，被用来终止程序。

十四、Ai被击败，开始穿越回到古代，返回第五条，故事到晶光池会面，小青再次拿到签名版朱之书，闭环。
番外，与其说是一个O型闭环，不如说是∞型闭环，为了闭环这个O，产生另一个O，大闭环需要无数小闭环，就是一个代码，Ai博士担当了修复者，负责修复这段闭环，太乐巴格斯就像∞的交接点，也可以说太乐巴格斯就是悖谬本身。

大熊猫吃辣吗

大熊猫吃的哪家火锅

奥玲的话确实说得过去，但弗图去未来感觉就说不过去了

先不谈跑未来去了的弗图博士
单说朱这边，有几个问题
1、唐突消失的派帕爹，因为日记里走了的人的位置给ai占了，那派帕爹呢，ai没了写日记悼念一下，老公蒸发了一个字都不肯写吗，什么生孩子工具人
2、悖谬种呢？ai找主角的原因就是为了防止悖谬跑出坑给生态带来无可挽回的伤害，她没道理把悖谬丢坑里不管，但她如果带在身上，北上乡那段就会变成那女人把毒歹郎打至跪地而不是面具四丢三了
3、倒霉鬼恶鬼椪，你圆就圆，霍霍恶鬼椪什么意思，让人守寡很好玩？
4、毒歹郎，请问他是抱着什么心情从帕底亚滚回北上乡的呢
5、ai被打败一次短路冒烟，一次乐园防卫系统侵蚀爆石头，两次都未至毁容，女人变男人就是无稽之谈