之前我推测指挥官记忆中的神秘少女是莉莉维丝，当时也有人指出可能是拉毗。

当时的我认为，如果神秘少女是拉毗的话，那么指挥官小时候对应幼年拉毗的时间线对不上。所以排除了神秘少女是拉毗的可能性。

但是，转折来了，周年庆活动最后彩蛋剧情揭示了拉毗是和女神部队同一时期的人物。那么一切就都对能对得上了。

时间线可能是这样。幼年指挥官在妮姬改造实验中结识了拉毗。→指挥官离开了医院后面成为了雇佣兵→成为女神部队指挥官→拉毗完成改造，失去记忆。成为新型量产机。（小红帽昏睡了30年，中间拉毗不知道经历了什么希望可以有人补充）

命运的安排，百年之后拉毗和指挥官再此相遇，成为了指挥官专属妮姬！

指挥官是初指灵体什么的代餐文学，亚达呦

神秘少女第一次出现是第5章的冰封的世界B。
当时的神秘少女的背景是病床，可以推断出当时指挥官正在准备接受改造。

第二次神秘少女出现在是在第13章迂回B。此时少女背景变了，变成后面排列了很多克隆仓。可以推断出，此时指挥官更换完大脑了，以新的身份（少年形态）出现，由于是“初次见面”所以回答了少女关于未来的理想之类的话题。

这样，也能解释的通女神部队不认识现在的指挥官。这种说法了。

关于指挥官和初代指挥官是同一个人的猜想 这是之前猜想的帖子。

要官方指出指挥官的身世，就等待新剧情的嚣嘈给出的答案吧。

两次剧情神秘少女的出现都是和拉毗有直接相关的，
第一次是指挥官濒死被大雪掩埋拉住了拉毗的手，
第二次是拉毗在指挥官被穿孔，濒死前拉毗启动小红帽。
主界面动画里的拉毗身着病服，而且拉毗作为量产妮姬出现在小红帽昏睡后30年。如果记忆中的少女(拉毗)是初指的记忆的话，那么时间线也能对得上。
关于第二次见面，是不是在初指更换躯体后，
我是根据对话的背景，病床(实验前)和克隆仓(实验后)。猜测得出初指的状态。
另外第一次少女的语气比较收敛，同时挥官回答的也比较含糊似乎不愿意透露什么。
第二次少女的语气就像是对待同龄人的语气了。
如果仅凭这不足以支撑两次不是同一人的话，那么也可以认为，第一次见面时和第二次见面时，指挥官已经完成改造，更换了新的克隆躯体，同时失去了记忆。
假定神秘少女就是拉毗而不是其他空降角色的话，时间线很可能是这个。
初指回到方舟，生命快到尽头→只能冒险尝试妮姬改造，改造后副作用失去记忆，同时需要在医院治疗→遇到少女拉毗，此时拉毗作为实验对象，接受新型妮姬实验。→指挥官出院，在军校度过了一段时间，度过了一段新人生，之后某种原因冰冻→拉毗30年后作为新型量产妮姬出现。(少女性格问题可以由思维转变解释)。