发病部位不同
　　 咽炎和扁桃体炎的区别之一就是发病部位不同。咽炎的发病部位是在咽喉部位以及咽喉深处的咽粘膜还有粘膜下的组织以及淋巴组织，而扁桃体炎的发病部位则是在扁桃体的隐窝、实质以及粘膜下的组织部位。咽部和扁桃体这两个部位是挨得很近的，很多时候一个部位发病就会牵连到另一个部位。
　　 临床表现不同
　　 咽炎和扁桃体炎在临床表现方面也是不同的，它们都有急慢性之分，其中急性咽炎常见于成人当中，发病的时候最常出现的症状就是咽干发热、咽部疼痛，而急性扁桃体炎的常见发病人群为儿童，最常见的症状就是咽部疼痛、有异物感、发烧。如果张开嘴会发现扁桃体充血和肿大，甚至还会看到黄白色的脓点在表面附着;而咽炎的充血部位则是在咽粘膜。