君主的过去是怎么回事？他为什么有力量保护主角团不变夺心魔？

开局的鹦鹉螺号飞船是哪来的？谁指使的？目的呢？主脑被那三个人控制了吧，那是为什么要抓人来变夺心魔

你问题还真不少，君主的目标就是自己一定要活着，干的事都是为了自己，保你是因为他自己扳不倒耐色脑。
.君主没有力量保护主角，靠的是棱镜里被囚禁的吉斯王子的力量。吉斯洋基人祖上是夺心魔的奴隶，时间久了出了一个叫吉斯的人，天生有对抗夺心魔心灵的力量，然后反抗奴役最后发展出来吉斯人这个种族，王子就是吉斯的儿子，继承了吉斯对抗夺心魔的力量。

君主啊，绝对理性的利己主义者，你看船上这几位，魔法女神密斯特拉的选民+伴侣，吸血鬼大公的第一个衍体，从20级大巫妖手中偷到棱镜的莎尔信徒精英小队唯一幸存者，高公爵的独子，大魔鬼扎瑞尔的头号打手，这要是随机抓的你信吗？而且他自己说的拿到棱镜的一瞬间主脑的心控就解除了，别的人不说，影心的蝌蚪是谁放的？

君主是博德安，去月之塔被主脑抓住喂了蝌蚪变灵吸怪，第一次安苏救他出来，多方治疗发现治不好想杀了他，结果被反杀，这是第一段故事。
君主杀了安苏以后心控了女公爵（就是第三章一开始被谋杀的那个）快活了一段时间又被戈塔什抓住，再次被主脑控制，被派出来找棱镜，这是第二段故事。
莎尔信徒的女院长脑子秀逗了，觉得偷到棱镜可以取悦莎尔，就排了一个精英小队去偷，结果真偷到了，但是小队几乎全灭只剩影心，被出来找棱镜的君主捡了漏，君主抓到影心拿到棱镜以后再次摆脱主脑的控制，结果被追影心的养鸡人部队追上，于是博德之门3的故事就开始了。

你有疑问你就慢慢找线索啊，这游戏里面基本都有答案

你是法球爆炸速通的吗？怎么像谁控制了蝌蚪这种问题都不知道

把安苏打了养鸡王子救了就知道君主不是好人，而且他之前的搭档也是一直被他脑控，他都没跟你说

主脑被控了，但人不齐的时候偶尔会豁免成功，主脑就故意放君主自由，一是君主前世记忆加分，二是君主求生欲很强。同时主脑给戈塔什托梦说有棱镜这玩意能克死它。戈并不知道君主是被故意放出来的，还以为君主天赋异禀能制衡主脑，就派君主开鹦鹉螺去养鸡人那儿抢棱镜。本质上君主和戈都是主脑的棋子，是主脑为了重获自由而加的最大变量

君主对你好是因为你听话，所以没必要跟你撕破脸，要不然你就发现他之前的合作伙伴因为不听话一直被他脑控，他能帮你阻隔主脑也是靠压榨王子。但其实君主是不是好人我个人觉得并不重要，反正我的目的是除掉主脑和蝌蚪，我们俩互相不触及利益就行了，但是养鸡妹是我队友，她希望我救王子，那就没办法了

算不上坏人，但一定是个自私的人，说话只说对自己有利的一半

感觉你很多文本没看啊，我记得盾牌骑士团相关和一些有关斯特梅公爵的文本有暗示斯特梅被心控了。同时利文顿磨坊的夺心魔和守墓人第二章结尾说的话也表明夺心魔没有灵魂，且夺心魔转化后占主导的是蝌蚪而非本人只是拥有本人记忆，君主一开始所谓的开诚布公就包含了欺骗。