目前，农业已成为生态破坏和环境污染的行业，正制约着其自身的持续发展。我国化肥农药的使用量、生产量、进口量均为世界第一，严重影响了农村生态环境，同时中国农村还面临着如水土流失、土地沙化、盐碱化等农业生态系统退化的问题。而生态农业正是解决农村生态环境问题的有效途径，对农业自身的可持续发展，对扶贫开发、发展农村经济和解决农村能源问题等都有重大意义，因此，在市场经济体制下发展生态农业是当前实现可持续发展战略进行中应研究的重要问题。
农村生态环境与城市生态环境有很大不同，这里人口较为稀疏，就组成生态系统的生产者、消费者和分解者三大生物部分来说，生产者是足够充分的，多余的生产量也有足够的分解者进行分解，除了太阳能外，它不需要得到外界系统的能量、物质的输人与输出，即可维护自身的平衡与运作，因此，在农村生态系统中不会产生如同城市生态系统中那样的交通紊乱、废物堆积、污染严重，需要从外界大量引入能量、物质流等问题。