运动神经元病发病缓慢，病情呈逐渐加重的过程，不像重症肌无力有晨轻暮重，可暂时缓解、易复发的特点。而重症肌无力一般无肌肉萎缩，也不出现病理体征。其中肌萎缩侧索硬化症、进行性脊肌萎缩症、原发性侧索硬化症初期肌肉萎缩不明显，仅表现肌肉无力时，应与四肢肌受累的重症肌无力鉴别。
运动神经元病的肌电图呈典型的神经源性损害的表现，神经传导速度往往正常。而重症肌无力的肌电图则表现为面积和波幅的衰减。重症肌无力的病人血清中乙酰胆碱受体抗体增高，新斯的明试验阳性，而运动神经元病人则为正常。

重症肌无力和运动神经元病都可以出现说话不清、饮水呛咳、吞咽困难、咀嚼无力、呼吸困难、四肢无力等症状，但重症肌无力出现上述症状时轻时重，无舌肌及四肢肌束颤动，无舌肌萎缩，一般无四肢肌肉萎缩。
重症肌无力属于自身免疫性疾病，这类疾病的特点之一就是病程呈慢性迁延性，缓解与恶化交替，临床主要特征是局部或全身横纹肌于活动时易于疲劳无力。