顶装式磁性液位计和侧装式磁性液位计在多个方面存在显著的差异：
1、结构设计：顶装式磁性液位计的结构特点是其磁浮子并不在浮球内，而是通过连杆连接下部浮球工作。上部在容器顶部，下部安装在容器内，由法兰与容器法兰连接。而侧装式磁性液位计的磁浮子直接在液位计管体中，通过法兰或其他接口与容器组成一个连通器，这样管体内的液面与容器内的液面保持相同高度。
2、安装位置：顶装式磁性液位计主要适用于各种地下储罐及侧面不宜开口的容器的液位测量，它可以实现高密封、防泄漏，非常适合在液体介质与指示器需要完全隔离的场合使用，因此它对于易燃、易爆和毒性介质的液位检测特别准确可靠。侧装式磁性液位计则更多地被用于现场检测，它的主体材质为不锈钢，能够取代玻璃管液位计。
3、指示方式：顶装式磁性液位计通过连杆另一端的磁钢与磁耦合驱动指示器内的翻板翻转，从而实现液位的指示。通常，翻板颜色变化（例如从灰色转为黄色，或从黄色转为黑色）指示液位的变化。而侧装式磁性液位计则有多种就地指示形式可选，如红白翻柱或翻球、浮标跟随等。
综上所述，顶装式磁性液位计和侧装式磁性液位计在结构设计、安装位置以及指示方式上均存在显著的差异。这些差异使得它们各自适用于不同的应用场合和测量需求。在实际应用中，应根据具体的测量环境和要求选择适合的液位计类型。