武田家中類似織田信長、三好長慶的分國支配方面，採取名為郡司的制度，但跟其他大名一樣，這也是存在過度行機制的狀況，當前線的支配城池退往第二線後，負責當地的城代雖然仍有郡司之名，可是實際職權已經有下降了，大約參考丸島和洋的論文「戦国大名武田氏の領域支配と「郡司」來稍作討論
1.諏訪郡司
板垣信方→板垣信憲→吉田信生→市川昌房→今福昌和
但在板垣信方死後，長坂虎房也有段時間插手諏訪郡一帶的事務，但在文書上長坂虎房沒有被確認是諏訪郡司
2.伊那郡司
武田勝賴→今井信仲
不過武田勝賴時代或許他是一門眾的關係，是稱為伊那郡主，今井信仲時才又稱伊那郡司
3.下伊那郡司即大島城代(?)
秋山信友，但存在性有爭議，因為後期秋山信友在大島城的權限分化了今井信仲的權利，但實際上沒有稱呼他是下伊那郡司
4.川中島郡司，主掌北信濃
春日虎綱→春日信達→安倍宗貞
5.西上野郡司
淺利信種→内藤昌秀→工藤長門守→内藤昌月
6.美濃遠山郡司
秋山信友
另外駿河方面似乎沒有明確採用郡司的名稱
江尻城一帶
山縣昌景→穴山信君
富士大宮郡一帶
原昌胤→原昌榮
河東郡興國寺城一帶
曾根昌世
駿河久能城一帶
板垣信安→今福長閑斎→今福虎孝
另外真田家在北上野也有一些獨立作戰權限
真田幸隆→真田信綱→真田昌幸