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东阿县自汉代置县，县域北靠黄河，南临济水，县治因水患曾多次迁移，县域范围变化也很大，县域重心逐渐北移。

最早的东阿是今阳谷县的阿城镇，春秋时为齐国的阿邑，汉代置东阿县，县治在今阿城镇西北三里处。汉代的东阿县，包括今阳谷县，以及今东阿县的南部即关山、鱼山、刘集一带。今东阿县城铜城镇，是汉代临邑县县治。汉代东阿县隶属兖州刺史部东郡。
南北朝北齐时期，临邑县撤销并入了谷城县，谷城县治即今平阴县东阿镇。不久谷城县又并入到东阿县。此时的东阿县，包括今东阿县大部、平阴县东阿镇一带及阳谷县。南北朝时期的东阿县，属济州济北郡。
隋朝置阳谷县，据《续山东考古录》记载：隋置阳谷县，得汉东阿地十之六七。就是说隋朝设置的阳谷县，辖域占汉代东阿县的六七成。隋唐时期的东阿县城，根据古籍记载的方位推算，在今鱼山西北二十里处，但缺乏详细位置记载，也没有古建筑来确证。隋唐时期东阿县，隶属济州。唐天宝十三年，济州被洪水冲毁而废置，东阿县划归郓州。

北宋开宝二年东阿县县城迁到了南谷镇，即今东平县旧县乡，八年之后又迁到利仁镇，即今旧县乡大吉城村。北宋太平兴国年间，东阿西北的卢县废置(卢县县治在今东昌府区高垣墙村)，部分辖域划归东阿县。金代天会十一年，东阿县城迁移至新桥镇，即今东阿县鱼山镇旧城村。北宋宣和元年，郓州升为东平府，东阿县隶属于东平府，元代属东平路。
明朝洪武八年，东阿县城迁移到谷城，即今平阴县东阿镇。一直延续到清朝和民国。明朝东阿县属兖州府东平州，清雍正十二年，东阿县改属泰安府。清咸丰五年(1855年)，黄河改道侵入大清河河道，从此东阿县被分为黄河西与黄河东两部分。

民国时期东阿县属东临道，撤道以后属山东省第六行政督察区。民国时期东阿县黄河东部分，包括今平阴县东阿镇、洪范池镇，今东平县旧县乡、斑鸠店镇，以及东平县银山镇腊山以北区域。腊山上至今有民国时期东阿县县长周竹生的题词。黄河西部分包括今东阿县中部及南部。
1941年，抗日民主政府在东平、东阿、郓城、寿张、汶上等县边区成立昆山县，东阿县的斑鸠店及银山一带划归昆山县。1949年昆山县改为梁山县，东阿县这部分区域正式划归梁山县。

1947年，东阿县城迁铜城镇。黄河以东的原县城东阿镇及旧县、洪范一带划归平阴县。黄河以西原属平阴县的牛角店、旦镇及原属肥城县的傅家岸等村庄划归东阿县。东阿县西南角的部分村庄划归阳谷县。东阿县与茌平县交错的村庄，以赵牛河为界，河北归茌平，河南归东阿。
1949年，东阿县属聊城专区，并随聊城专区划归平原省。1952年随聊城专区回归山东省。1958年东阿县撤销，辖域分别并入寿张、茌平二县，1961年恢复东阿县及原辖域。

2010年东阿县顾官屯镇划归聊城经济开发区管理。