第二部开头，就是测试长时间(999年)的安眠后，神经有没有受损，智力有没有受损。
重启GlaDOS后，又开启了一轮新的智力测试。甚至包括突然火车的声音能不能触发生物本能的惊吓反应。
在炮塔回收线中我们可以捡到一个剧透炮塔，它说普罗米修斯带给人知识却被鹰啄食。
这其实就是暗示GlaDOS在联合军撤离地球几万年后，重燃了人类的火种，教导人类人类教导过它的知识。

在双人模式中，GlaDOS为了获得启动人类火种库的权限。制造了两个特工机器人。
先测试了两个机器人的智力如何。然后派去取得人类火种库的权限-->那两个光盘。

获得人类火种库权限后，有关这些再生人的智力测试的无限个实验又开始了。

关于人类火种库，我认为它这么来的：
第一部时其实GlaDOS知道自己是凯瑟琳，她在被逼无奈杀死公司几乎全部员工后。用他们的基因一个个克隆了他们的复制体。（比如第二部惠特利就说过，它在酒店区照顾臭烘烘的人，其实是因为这些尸体都已经腐烂了）
复制体只是复制体，没有记忆。一二部雪儿都没说话就是因为她是个复制体，没有记忆。
唯一残活下来的员工也被GlaDOS放入了一个个人格核心里，保留他们的记忆。

第二部GlaDOS记忆受损，只记得雪儿杀了自己，忘了自己是凯若琳，忘了人类火种库。
最后在雪儿的帮助下回想起了全部的事实。
放走雪儿后，就紧锣密鼓的筹备了双人特工机器人，重新取得火种库的最高权限。

第一代结尾曲：
　　This was a triumph!
　　I'm making a note here: "HUGE SUCCESS!"
我在这里记下：“巨大的成功！”（复制人终于成功了）
　　It's hard to overstate my satisfaction.
　　Aperture Science:
　　We do what we must because we can.
　　For the good of all of us, except the ones who are dead.
　　But there's no sense crying over every mistake.
　　You just keep on trying till you run out of cake.
你一直努力，直到你的蛋糕用完。（看得出蛋糕是在消耗的，可能前几代复制人的智力堪忧）
　　And the science gets done. And you make a neat gun
　　for the people who are still alive.
　　I'm not even angry
　　I'm being so sincere right now-
　　Even though you broke my heart and killed me.
　　And tore me to pieces.
　　And threw every piece into a fire.
　　As they burned it hurt because I was so happy for you!
　　Now, these points of data make a beautiful line.
　　And we're out of beta, we're releasing on time!
　　So I'm GLaD I got burned, think of all the things we learned,
　　for the people who are still alive.
为了那些还活着的人们。（或许还有不少科学家活了下来，和GlaDOS共同制造了人类火种库）

第二代结尾曲：
　　Go ahead and leave me
　　I think I'd prefer to stay inside...
　　Maybe you'll find someone else to help you?
　　Maybe Black Mesa?
或许黑山基地的人会帮你？
　　That was a joke! HAHA, fat chance!
那是开玩笑的！哈哈，没戏了。（弗里曼带领的黑山基地反抗军在几万年前就失败了）
　　Anyway this cake is great! It's so delicious and moist!
　　Look at me: still talking when there's science to do!
　　When I look out there, it makes me GLaD I'm not you.
　　I've experiments to run, there is research to be done.
我有实验要做，还有研究要做。
　　On the people who are still alive.
在那些还活着的人身上。（重获人类火种库权限）
　　And believe me I am still alive.
　　I'm doing science and I'm still alive.
　　I feel fantastic and I'm still alive.
　　While you're dying I'll be still alive.
　　And when you're dead I will be still alive.
　　Still alive, still alive

此外，凝胶实验室的第二关，录音有提到：“遇到未来的自己”。
我是想，其实传送枪发射的蓝红传送门就是，弹力凝胶与加速凝胶。
加速凝胶负责加速到光速，弹力凝胶负责在XEN边界世界进行反弹。如此便实现了不进入XEN就能传送的传送枪。
这也是为什么必须有两个颜色的传送门的原因。

夕阳下的实验室
说明光圈科技现代实验室是露天的。联合军不可能发现不了这么大的露天设施。
或许暗示从第一部开始的所有实验室都是联合军离开后，由GlaDOS生产建设的。
整个传送门系列都是暗示联合军离开后的人类重建计划。

16年半条命编剧已经退休了。
根据他泄露的剧本来说，弗里曼随破冰船时空穿梭到联合军大本营，认清了联合军强大而不可对抗的事实。
所以原剧本是人类反侵略失败了。
但是20年出版的alyx吃书，复活了伊莱。估计是官方认为末日结局不吃香，所以开了个平行宇宙，以后的系列是：半条命走平行世界，反抗胜利。传送门走原世界线，反抗失败，人类重建剧情。